主人公・織屋浪馬が、1年間を通して、メインヒロイン・柴門たまきを初め多数のヒロイン達と親交を深めていく。
ピング リング ハンテ ビブリ マウス リング すいぎょく パーク リトール パイソオ シフＳＥＯ スレート フォビア ぴのの メタバース ティーオー キネシス いおり パーサー ロイタ ブイティ フォア カフェ プレス ミルク キーマン プライ マハー ライター エンドウ カケラ なだぶね フリーウ つつじいろ ヒヨドリ フルス レトルト ドレージ ポード チンキ にった モロッコ せろり メタン スタディ ドライ グロリオ テースト マッチ マング
攻略には活動時間と所持金の設定上、一般的な恋愛シミュレーションにある選択肢選びだけではなく、スケジュール管理の巧みさも求められる。単にヒロインと接するのではなく、好感度が一定値から上昇する好感度限界突破イベントを通過しなければ、エンディングには到達できない。好感度が最大であれば、最終日の選択肢でエンディングを迎えるヒロインを選べるようになるので、複数同時攻略も可能である。
ゲームタイトルこそ『下級生2』となってはいるが、前作の『下級生』同様、ヒロインには下級生ではないキャラクターが多く登場する。
音楽面ではオープニング曲が2曲、エンディング曲が各ヒロインに1曲ずつあり、豪華な仕様になっている。
織屋 浪馬（おりや ろうま）
声：緑川光（ゲーム版では音声無し）
名前はプレイヤーが自由に設定可能。なお、前作の主人公（けんたろう）とは違い、TVアニメ版も18禁OVA版もゲーム版と同じ名前（織屋浪馬）である。
頼津学園3年A組。キックボクシング同好会の選手だが、練習嫌い。破天荒な行動が目立ち、学園の問題児と見なされている。
両親は海外出張中の為、叔父の会社「ビッグボデー」の旧社宅の一室を借りて一人暮らししている。ゴールデンウィークや長期休暇中は、そこでアルバイトに精を出している。
破天荒さについてはTVアニメ版ではゲーム版より若干抑え気味だが、18禁OVA版ではゲーム版準拠。また、顔立ちもTVアニメ版よりは若干イケメン風に設定されている。
ヒロイン
柴門 たまき（さいもん たまき）
声：河原木志穂
身長：162cm / スリーサイズ：B86（C）/W59/H80（cm） / イメージソング：「夏」
本作のメインヒロイン。頼津学園3年A組。浪馬の幼馴染で、明るい性格。世話好きで、クラス委員長と浪馬の所属する同好会のマネージャーも務めている。浪馬には「タマ」と呼ばれる。
時折、浪馬に差し入れを持ってきたり、ご飯を作りに来る。バレンタインデーにはクラスの男子に義理チョコを配っている(通称・人道支援チョコ)。女の子に愛の告白をされた経験あり。家族は両親と弟・吾郎。ビリヤード屋でアルバイト中。
ゲーム版では、開始時点で既に浪馬以外の男性と肉体関係を持っている。TVアニメ版ではこの設定は明示されなかったが、後の18禁OVA『?季花詞集（Anthology）?』版では準じたものになっており、浪馬とは彼氏がいる時からセックスフレンドの関係になっている。
高遠 七瀬（たかとお ななせ）
声：中島沙樹
身長：165cm / スリーサイズ：B86（D）/W55/H80（cm） / イメージソング：「潮騒」
頼津学園3年C組。正義感が強く、風紀を乱す者には容赦しない学生自治会執行部の副会長。TVアニメ版ではバスケットボール部に所属している。
趣味は紅茶。家族は両親のみで、母親は娘とは違いおっとりとした天然タイプ。母親以外に「ナナちゃん」と呼ばれることを極端に嫌う。
いつも浪馬を敵視し、注意をしているが全く効果が無く、半ば諦めている。浪馬と接していくうちにそのペースに巻き込まれ、惹かれていくことに。あるイベントで危機に陥ったところを浪馬に助けられ、そこで完全に惚れてしまう。また、酒乱イベントやバレンタインイベントでは、登場時の印象とは違う言動に走る。
サラサラのロングヘアにかなりのツンデレという要素で、全ヒロイン中で一番の人気を獲得[要出典]。TVアニメ版では出番にあまり恵まれていない。
白井 夕璃（しらい ゆうり）
声：猪口有佳
身長：150cm / スリーサイズ：B80（B）/W54/H82（cm） / イメージソング：「天使のメロディー」
頼津学園1年B組。浪馬が部長を務めるキックボクシング同好会の新入部員兼、吹奏楽部員。
清楚なお嬢様のような雰囲気を持っているが、実はかなり積極的に行動するタイプ。父親の仕事を手伝う意味でも、カラオケなどに女優として出演するアルバイトに励んでいる。TVアニメ版ではその意気込みは相当なものと設定されており、仕事の為であればロケ先でも露出過多な衣装はもちろん、手ブラ姿にまで迷わず挑むほどであった。
彼女の料理は見た目こそ完璧だが、味は「個性的」である。携帯電話は何回か失くしたことがあるので持っていない。また、ゲーム版には浪馬が彼女宅に電話した時、母親の声の若さに彼女の姉と勘違いするイベントがある。
平沢 博子（ひらさわ ひろこ）
声：田中涼子
身長：156cm / スリーサイズ：B81（B）/W55/H82（cm） / イメージソング：「ココロノカケラ」
頼津学園2年D組。根っからの合理主義者で、研究家。
彼女の自宅はもはや異世界と呼ぶに相応しい奇抜さに富んでおり、祖父のドク（澁澤）と家政婦ロボの亜希子、黒ネコのハルミと暮らしている。両親は既に亡い。黒縁のフルフレームの眼鏡がチャームポイント。浪馬の運動能力の高さに注目し、そのデータを開発中の警護用ロボットに利用する為、浪馬に協力を依頼する。
最初は無表情かつ無愛想であるが、次第に感情を開花させ、明るく表情の豊かな女の子になっていく。全く泳げない。
TVアニメ版では、彼女の身体にはある秘密が存在する。
沢村 香月（さわむら かづき）
声：及川ひとみ
身長：147cm / スリーサイズ：B76（A）/W52/H80（cm） / イメージソング：「Lucky Day」
教育実習生である頼津学園OG。
学生気分が抜け切っておらず、見た目も身長も性格も幼い雰囲気の為、よく中学生に間違われ、補導されかかったことは数知れず。その反動か、やたらとお姉さんぶりたがり、その言動と裏腹に子供のような行動に走る。浪馬からは「香月ちゃん」と呼ばれ、事ある毎にお子様扱いされている。また、在学時代の制服を着て頼津学園に潜入するイベントがあるが、全く違和感が無く殆ど気付かれない。角川書店版の小説とコミックにも、同様のエピソードがある。
家族は両親と妹・智香。妹は姉よりしっかりしているらしい。また、山盛りのパフェをペロリと平らげてしまうほどの超甘党で、教育実習中にお菓子を生徒と一緒に食べてしまい、志藤から説教されている。
攻略を進めると、前作のメインヒロイン・結城瑞穂と推測される人物が彼女の友人として登場する。
若井 みさき（わかい -）
声：永島由子
身長：169cm / スリーサイズ：B80（C）/W56/H85（cm） / イメージソング：「waver leaf」
頼津学園に今春から新任してきた美術教師兼、美術部の顧問。気風の良さで教師からも生徒からも人望が厚く、頼られている。また、赤毛のウェーブヘアと口元にある小さなほくろが、チャームポイントかつセックスアピール。
学生時代はソフトボール部のエースで4番だった。イベントで野球部のエースからホームランを打ったこともある。
攻略が進むと、学生当時のアルバイトがきっかけでストーカーに付き纏われるようになるが、浪馬とのセックスの際にもアルバイトの影響と思しき大胆なプレイを楽しむようになる。
彼女を攻略中にはバグの為に他ヒロインの不本意なネタバレが発生することがある。
横溝 ふみ（よこみぞ -）
声：西川宏美
身長：172cm / スリーサイズ：B90（E）/W58/H87（cm） / イメージソング：「蜉蝣」
頼津学園の司書。浪馬とは入学時からの知り合いで、よく話すがアプローチは軽くかわす間柄。実家には弟が一人いる。
全ヒロインで最も豊満な身体に清楚な顔立ちに金髪と、大人の大胆な色気を醸し出す要素は一通り持っており、男性にとって理性的とされる女性。しかし、そんな容姿とは裏腹に、言葉遣いは何故か男性調。悩んだ時は屋上で煙草を吸うことがある。読書が趣味。同校教師の志藤に惚れられている一方、両親からはお見合いを勧められている。
浪馬とのセックスにおいても大胆さを遺憾なく発揮するが、それゆえに、自分の立場については相当悩むことになる。
井伏 オキエ（いぶせ -）
声：鳴海エリカ
身長：153cm / スリーサイズ：B85（C）/W57/H85（cm） / イメージソング：「誰よりもいちばん輝いているあなたへ」
隣町の新頼津町にある、有名女子校である聖メアリミード学院の2年生。明るくて笑顔を絶やさない。たまたま街角でぶつかったことから浪馬と知り合うが、初対面にもかかわらず彼のことを知っていた。おかっぱ頭が特徴。体を動かすことが趣味。
謎が多く、自宅を教えてくれることは無い。また、浪馬の口から無意識に出た言葉がきっかけで、驚愕の事実が判明する。
なお、TVアニメ版での彼女の声優には長崎みなみが予定されていたが、レコーディング直前に長崎が病気で降板せざるを得なくなった為、鳴海エリカが急遽代役として起用されたという経緯がある。
堀出 実果（ほりいで みか）
声：大津田裕美
身長：156cm / スリーサイズ：B79（A）/W55/H83（cm） / イメージソング：「鼓動」
ストリートミュージシャン。頼津駅前の広場でよく演奏している。気さくで男勝りな性格で、浪馬でさえ振り回す。一人称は「オレ」で、語尾には「ッス」をよく付ける。なお、TVアニメ版ではストリートミュージシャンであると共に、聖メアリミード学院の生徒でもある。
羞恥心が殆ど無く、平気で下ネタを連発したり、河原では平気でトップレスになったりして浪馬を悩ませる。また、貞操観念もやや欠如している面があることから、前作の橘真由美に近いタイプ。
様々なアルバイトで生計を立てている。両親と喧嘩し、あることで悩んでいたが、浪馬の説得と説教により解決に向かう。
その他
大山 恵比子（おおやま えいこ）
聖メアリミード学院2年生。いつも笑顔を絶やさず、「うふふー」と特徴のある笑い方をする。たまたま街角でぶつかったことから浪馬と知り合うが、初対面にもかかわらず彼のことを知っていた。おかっぱ頭が特徴。浪馬はあまり気を使わずに付き合えるので（友達として）気に入っている。通称「えびす」。
かなり太目の体型で、そのことで悩んでいた。また、ゲーム中では彼女とデートが可能だが、その正体は…。
砂吹 望（すなふき のぞむ）
声：木村拓
浪馬の幼馴染。浪馬とたまきと雨堂とは、幼い頃から一緒に遊んだ仲でもある。ゲーム版では黒髪だが、TVアニメ版では茶髪。
祖父の影響で釣りが大好き。プールで釣り糸を垂らしていたこともあった。また、TVアニメ版ではたまきに好意を持っているような描写がある。
常に纏っている不思議な雰囲気からも、スナフキンが名前の由来と思われる。
雨堂 刃（あまどう じん）
声：金子幸伸
浪馬の幼馴染。成績優秀、スポーツ万能で、バスケットボール部のエースである。クラス委員も務めている。それなりにモテるらしく、浪馬とたまきとの関係に関心を抱いている。
雨堂刃と砂吹望は、ゲームよりアニメの方が活躍の機会が多い。
志藤 晴人（しどう せいと）
頼津学園教師。年中ジャージ姿だが、担当は体育ではなく数学。今時殆ど見られない熱血教師だが、誠実な人柄からか生徒からの人望は厚い。愛犬は「シドくん」。名前の由来は「生徒指導」と思われる。
ふみにベタ惚れだが、なかなか踏み込めないでいる。教育実習に来た香月を説教することもある。TVアニメ版には未登場。18禁OVA版には登場。
おっちゃん
本名不明。浪馬の叔父で、解体業『ビッグボデー』の経営者。見た目は怖いが、豪快な性格。未婚でモテモテらしい。
マップ中でビッグボデーに入ると、アルバイトを持ちかけてくる。中には高額なものもあり、金払いは良い。TVアニメ版や18禁OVA版には未登場。
医大生（いだいせい）
たまきの彼氏。ゲーム版発売当初は本名不明だったが、後のエルフファンクラブ会報Vol.58のCD-ROMに収録された番外編『アナザーストーリー LOVERS』中で名前だけは判明しており、「正臣」（まさおみ）とのこと。名字は不明。
高級車を乗り回す、いわゆるお金持ちの御曹司。当初はたまきと肉体関係を持っていたが、彼女と浪馬の仲が良くなるにつれて、2人の関係を疑い、次第に態度が冷たくなり、果てには別れることとなる。
『アナザーストーリー LOVERS』では、ゲーム版で髪に隠れていた眼が確認できるようになっており、気障ではあるが、理性的な大人である事がわかる。TVアニメ版や18禁OVA版には未登場だが、存在していたことはたまきの台詞で確認できる。
コアマガジン版の小説では、たまきによって手痛いしっぺ返しを喰らわされることになる。
ドク
本名は澁澤寅彦。博子の祖父。澁澤理化学研究所の所長を務めている科学者で、亜希子の開発者でもある。
人物としては明るい老人であり、孫である博子のことは非常に大事にしている。TVアニメ版や18禁OVA版には未登場。
亜希子（あきこ）
澁澤理化学研究所でドクによって開発されたロボット。家政婦として開発されただけあり、家事は万能。
見た目はロボットだが、外出時は化粧を施すので、博子との買い物時には本物の母子に見える。護身用にビームを発射することがある。TVアニメ版や18禁OVA版には未登場。
ハルミ
声：谷井あすか
澁澤理化学研究所で暮らしている黒猫。人語を解し、何故か人語を喋ることもでき、毒舌を披露する。TVアニメ版にも登場するが、喋らない。
モデルは『美少女戦士セーラームーン』シリーズに登場する黒猫・ルナ。
監督（かんとく）
声：ショッカーO野
本名不明。白井夕璃が出演する映像作品の監督。ふとしたことがきっかけで、浪馬を自分の作品に出演させることになる。喋り方はオカマ風で、浪馬に狙いを付けている節がある。女の子も羨むほどの美肌。
『下級生2 ?瞳の中の少女たち?』のタイトルで、2004年10月7日から12月30日まで放送（日付はtvkの場合で、放送局により異なる）。全13話。
オリジナルキャラクターの岸田シュンが各ヒロインとの架け橋になり、この物語の中心となる。このキャラクターには謎が多すぎて物語の展開をややこしくしている面があり、結局その正体は明らかになることは無く、謎を残したまま物語が終焉を迎える。また、舞台背景の説明も一切無い為、視聴者の間で批判が起きた。
なお、関西でのネット局はサンテレビとKBS京都ではなくテレビ大阪となっているが、これは『らいむいろ戦奇譚』でのSoftgarageの不祥事が尾を引いていた為。また、DVD化の際にはディレクターズカット版と称して、必要とあらば（その場での必然性に欠けていても）ヒロインのバストやヒップを隠さず露出するという、TV放送時には無かった露骨なお色気シーンが追加されている。ただし追加エピソード等はない。
琴野 千穂（ことの ちほ）
声：近藤志津香
イメージソング：「きおくのかなた」
柴門たまきの親友で、よく相談を持ちかけられる仲。水泳部に所属。
たまきや七瀬に引けを取らない、艶かしいプロポーションがチャームポイント。雨堂のことが気になるようである。
元々はゲーム版ヒロインの一人になる予定だったが、容姿が七瀬と似ていることとシナリオ整理上の問題から、ボツにされた。アニメ化に際し、話題作りも兼ねての復活と相成ったわけである。登場当時は「素人に声優をやらせるなんて」との批判もあったが、七瀬似の容姿と、素人声に却って魅力を見出したファンが付いたお陰で、結果的にはそこそこの人気を得た。小説版にも登場する。
岸田 シュン（きしだ しゅん）
声：池田ひかる
転校生。TVアニメ版でのキーキャラクター。
その言動には謎が多く、各ヒロインのシナリオに何かしらの形で関わっている。またその際、年単位で異なっている時系列にも全て同じ容姿で登場。ということは…。
高大寺助清（こうだいじ すけきよ）
声：一条和矢
浪馬に果し状を送り、挑戦してくる男。とあることがきっかけで、千穂に一目惚れする。
各種格闘術には長けているものの水が苦手で、全く泳げない。溺れた際、浪馬に人工呼吸（マウス・トゥ・マウス）されてしまう。
当初の触れ込みでは浪馬のライバルという位置付けだったが、本編での扱いはとてもそうとは思えない、専らギャグ担当のキャラクターとなっていた。